La Unidad Pacífico Sur inicia actividades en 1987 con un cuerpo básico de académicos, encabezado por el antropólogo Salomón Nahmad, a partir de un acuerdo entre el Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS) y el Gobierno del Estado de Oaxaca, el cual tenía como fundamento un proyecto orientado a la investigación y vinculación con los pueblos indígenas de la zona.

Al ser el único centro público del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) en Oaxaca, sus investigaciones antropológicas sobre la región contribuyen activamente al estudio del sur de la república mexicana, al mismo tiempo que impulsan la formación de antropólogos indígenas.

En el CIESAS Pacífico Sur se realizan estudios de carácter antropológico, histórico, etnohistórico y lingüístico. Su vocación cumple con el objetivo de desarrollo científico y, a la vez, con el compromiso hacia la comunidad, pues el trabajo de investigación en Historia y Antropología es una herramienta capaz de impactar en la transformación social de Oaxaca y, por tanto, de México.