En 1973, los antropólogos Gonzalo Aguirre Beltrán, Guillermo Bonfil y Ángel Palerm fundaron el Centro de Investigaciones Superiores del Instituto Nacional de Antropología e Historia (CISINAH). En 1980 se reestructuró como Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS), con un proyecto marcado por la necesidad de incluir a los grupos étnicos al proyecto nacional, reconociendo su pluralidad étnica y lingüística y buscando la eliminación de todas las formas de colonialismo abierto o encubierto.

La Unidad Pacífico Sur se estableció en la ciudad de Oaxaca en 1987. Su principal artífice, el antropólogo Salomón Nahmad, describió, en 1990, el contexto en que comenzó a desarrollarse este proyecto regional de CIESAS:

Oaxaca ha formado los cuadros científicos propios que ya le permiten tener un centro de investigación antropológica de excelencia, que difunda y divulgue su propia investigación y cuenta con un área de documentación que concentre acervos bibliográficos, informes técnicos, documentos, archivos y un banco de datos en el campo de las ciencias antropológicas. Se espera que la Unidad CIESAS de Oaxaca represente un punto de partida para todos aquellos científicos y para la propia población oaxaqueña interesada en el pasado, el presente y el futuro de los pueblos étnicos.

Los estudios que se realizan en esta Unidad Pacífico Sur son de carácter antropológico, histórico, etnohistórico y lingüístico; permiten analizar los procesos, dinámicas y problemáticas de las sociedades multiétnicas del sur del país y del estado de Oaxaca en particular.

Se presta especial atención a las diversas y cambiantes configuraciones culturales y relaciones de poder en las esferas étnica, de clase, género, raza y nacionalidad.

Las líneas de investigación de las y los investigadores de la sede son: antropología aplicada, antropología e historia de la educación, antropología jurídica, antropología médica, cultura e Ideología, historia, etnohistoria, lingüística y estudios del lenguaje, relaciones étnicas e interétnicas, e identidades comunitarias.

Hay investigadores que pertenecen a Consejos Consultivos y Comités con incidencia en políticas públicas. Existen resultados académicos (publicaciones, proyectos y programas) obtenidos a partir de la investigación y la asesoría interinstitucional en temas que privilegian estudios de carácter social, educativo y cultural.

La vocación de la Unidad cumple con el objetivo de desarrollo científico y, a la vez, con el compromiso hacia la comunidad porque la investigación en historia y antropología puede impactar en la transformación social de Oaxaca y México.

Una característica sobresaliente de la Sede Pacífico Sur ha sido su vocación para realizar investigaciones comprometidas con la sociedad. Las y los profesores-investigadores tienen una fuerte vinculación con el entorno regional, tanto con el sector gubernamental (federal, estatal y municipal), como con la sociedad civil y con organizaciones de base, lo que incluye a comunidades y organizaciones indígenas.