En Junio de 1997 a través de un acuerdo entre el del Departamento México del Banco Mundial (BM) y del Gobierno de México, se inició el proyecto Perfiles Indígenas de México.

Entre sus objetivos principales fue el de proporcionar un conjunto básico de información sobre la situación de los Pueblos Indígenas de México para que instituciones de gobierno y funcionarios del BM cuenten con información que ayude en la planeación de proyectos y programas que se implementan en regiones donde viven los Pueblos Indígenas. Asimismo, poner a disposición el conjunto de dicha información estadística y analítica a diversos actores, incluyendo Organizaciones No Gubernamentales (ONG), investigadores académicos y comunidades y municipios indígenas.

La propuesta fue producir un perfil nacional de la situación de la población indígena de México y una serie complementaria de perfiles específicos por región étnica, estados y una serie de fichas individuales que den cuenta de la diversidad de situaciones que viven los pueblos Indígenas. Para realizar estos perfiles se contrato a científicos sociales mexicanos especializados en pueblos indígenas en cada unos de los estados. Cada científico social coordinó a un grupo regional de investigadores que produjo un diagnostico estatal, un perfil étnico de una unidad social y fichas pequeñas de los pueblos indígenas de los pueblos indígenas que componen cada estado. La colaboración de investigadores en la tarea de recopilar y ordenar información existente en distintos centros de investigación y la actualización por medio de trabajo de campo, constituye un esfuerzo de coordinación y de participación de mas de 150 especialistas, técnicos y secretarial que colaboraron en lo que hoy se llama Perfiles Indígenas de México.

El equipo técnico incluye personal especializado en sistemas de información geográfica que produjeron un banco de datos de referencias geográficas, que incluye información demográfica, socioeconómica, cultural y ecológica, con respecto a los pueblos indígenas.

Asimismo, se conformo durante la fase I un Grupo de Trabajo Gubernamental (GTG) compuesto por el Instituto Nacional Indigenista (INI) hoy Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas (CONADEPI), la Secretaría de Desarrollo Social (SEDESOL), la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP), Consejo Nacional de Fomento Educativo (CONAFE), el Consejo Nacional de Población (CONAPO), el Centro de Investigación y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS), Secretaría de Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural (SAGAR), de Educación Pública (SEP), de Salud (SSA), el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) y el Banco Mundial. El GTG en las fases I y II fueron coordinadas por el INI, el CIESAS y el BM.

Las fases I y II fueron realizadas con el apoyo de recursos de donación administradas por el BM, la fase III actualmente coordinada por CIESAS es financiada por CONACYT y entre sus objetivos ha sido el de involucrar a un conjunto de estudiantes de licenciatura, maestría y doctorado a la realidad de las comunidades indígenas que han sufrido cambios importantes en los últimos veinte años. En esta fase participaron estudiantes de Universidades e institutos de educación superior del Estado de México, Yucatán, Oaxaca, Chiapas, Querétaro. Para la difusión de toda esta información se creo una página electrónica en CIESAS, pagina www.ciesasistmo.edu.mx.

Como resultado de las fases I y II, se realizo un estudio exploratorio sobre la migración indígena a las ciudades en virtud de su incremento a dichos centros urbanos en todo el país. Se seleccionaron tres ciudades por sus caracteristicas sociales, económicas y como polos de atracción de esta población: Cancún, Minatitlan-Coaztzacoalcos, México, D.F. Este estudio se realizo con Investigadores de la Universidad Nacional Autónoma de México e investigadores de otras instituciones académicas.